Добрый день!
Согласно статье 346.28 Налогового кодекса РФ налогоплательщиками ЕНВД являются организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие на территории муниципального района, городского округа, городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, в которых введен единый налог, предпринимательскую деятельность, облагаемую единым налогом, и перешедшие на уплату единого налога в порядке, установленном главой 26.3. То есть, если по облагаемой деятельности (в Вашем случае по розничной торговле) на территории одного муниципалитета Вы приняли решение применять ЕНВД, то обязаны применять его по всем объектам, расположенным в этом муниципальном образовании.
Предложу Вам также ознакомиться с недавним письмом Минфина, разъясняющим позицию ведомства по аналогичному вопросу.
Цитата:МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИПИСЬМОот 10 января 2013 г. N 03-11-09/2Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел письмо о порядке применения системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности и сообщает следующее.Система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности может применяться по решениям представительных органов муниципальных районов, городских округов, законодательных (представительных) органов государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга в отношении видов предпринимательской деятельности, определенных п. 2 ст. 346.26 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс).Пунктом 1 ст. 346.28 Кодекса в редакции Федерального закона от 25.06.2012 N 94-ФЗ "О внесении изменений в части первую и вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации" (далее - Федеральный закон N 94-ФЗ) установлено, что организации и индивидуальные предприниматели с 1 января 2013 г. переходят на уплату единого налога на вмененный доход добровольно.Если налогоплательщик единого налога на вмененный доход принял решение перейти с 1 января 2013 г. на иной режим налогообложения, то снятие его с учета производится в соответствии с п. 3 ст. 346.28 Кодекса, согласно которому снятие с учета налогоплательщика единого налога на вмененный доход при переходе на иной режим налогообложения осуществляется на основании заявления, поданного в налоговый орган в течение пяти дней со дня перехода на иной режим налогообложения. Датой снятия с учета налогоплательщика единого налога на вмененный доход в указанном случае будет дата перехода на иной режим налогообложения.Таким образом, организация и индивидуальный предприниматель, являющиеся налогоплательщиками единого налога на вмененный доход в отношении одного или нескольких видов предпринимательской деятельности, вправе перейти с 1 января 2013 г. на иной режим налогообложения в отношении одного или всех видов предпринимательской деятельности, в отношении которых применяется единый налог на вмененный доход. При этом снятие лица с учета в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход может быть только в случае его перехода на иной режим налогообложения по всем видам предпринимательской деятельности.Если индивидуальный предприниматель осуществляет на территории муниципального образования предпринимательскую деятельность, предусмотренную пп. 6 п. 2 ст. 346.26 Кодекса (розничная торговля, осуществляемая через магазины и павильоны с площадью торгового зала не более 150 кв. м по каждому объекту розничной торговли), в том числе через указанные объекты розничной торговли с площадью торгового зала не более 50 кв. м, то он вправе в отношении этого вида предпринимательской деятельности перейти с 1 января 2013 г. на общий режим налогообложения или на упрощенную систему налогообложения. При этом он не вправе на территории данного муниципального образования одновременно применять единый налог на вмененный доход в отношении предпринимательской деятельности, предусмотренной пп. 6 п. 2 ст. 346.26 Кодекса, и патентную систему налогообложения в отношении предпринимательской деятельности, предусмотренной пп. 45 п. 2 ст. 346.43 Кодекса (розничная торговля, осуществляемая через объекты стационарной торговой сети с площадью торгового зала не более 50 кв. м).Если организация или индивидуальный предприниматель осуществляют предпринимательскую деятельность в одном субъекте Российской Федерации в разных муниципальных образованиях, в одном из которых по этому виду деятельности введен единый налог на вмененный доход, а в другом нет, налогоплательщик вправе применять в отношении этого вида предпринимательской деятельности единый налог на вмененный доход в муниципальном образовании, где он введен, и иной налоговый режим в отношении предпринимательской деятельности, осуществляемой на территории муниципального образования, где единый налог на вмененный доход не введен.Согласно ст. 1 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" (далее - Федеральный закон N 129-ФЗ) под государственной регистрацией юридических лиц и индивидуальных предпринимателей понимаются акты уполномоченного федерального органа исполнительной власти, осуществляемые посредством внесения в государственные реестры сведений о создании, реорганизации и ликвидации юридических лиц, приобретении физическими лицами статуса индивидуального предпринимателя, прекращении физическими лицами деятельности в качестве индивидуальных предпринимателей, иных сведений о юридических лицах и об индивидуальных предпринимателях в соответствии с Федеральным законом N 129-ФЗ.Таким образом, норма, предусмотренная п. 10 ст. 346.29 Кодекса, распространяется только на случаи регистрации создания юридических лиц (регистрации приобретения физическими лицами статуса индивидуального предпринимателя).Предусмотренная ст. 346.28 Кодекса постановка организации и индивидуального предпринимателя на учет в налоговом органе в качестве налогоплательщиков единого налога на вмененный доход не является государственной регистрацией этих налогоплательщиков.Поэтому организация, состоящая на учете в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход и имеющая несколько обособленных подразделений на территории, подведомственной одному налоговому органу, при открытии нового обособленного подразделения на той же территории исчисляет в 2012 г. сумму единого налога на вмененный доход в соответствии с п. 10 ст. 346.29 Кодекса исходя из полных месяцев, начиная с месяца начала осуществления деятельности, облагаемой единым налогом на вмененный доход, в новом подразделении.С 1 января 2013 г. в соответствии с п. 10 ст. 346.29 Кодекса (в ред. Федерального закона N 94-ФЗ) размер вмененного дохода за квартал, в течение которого произведена постановка организации на учет в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход, рассчитывается начиная с даты постановки организации на учет в налоговом органе в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход.В связи с этим при начале осуществления деятельности, облагаемой единым налогом на вмененный доход, через вновь открытое обособленное подразделение организация вправе исчислить налоговую базу по указанному налогу начиная с даты начала ее осуществления в данном обособленном подразделении.Эту дату организация может указать в заявлении о постановке на учет организации в качестве налогоплательщика единого налога на вмененный доход по форме N ЕНВД-1 (далее - Заявление). По данной форме организация может также сообщить о каждом виде предпринимательской деятельности и об адресе места ее осуществления, о которых не было сообщено ранее в Заявлении, а также об изменении сведений, ранее сообщенных в Заявлении.Директор Департамента налоговойи таможенно-тарифной политикиИ.В.ТРУНИН10.01.2013